冬虫夏草保存前也应彻底晾晒，保证干燥；如果发现虫草已经受潮，应立即取出暴晒，或用炭火微微烘焙，再筛去害虫与蛀屑。保存的时候，如果量很少，而且储藏时间不长，只需将其与花椒或牡丹皮一起放在密闭的玻璃瓶中，置于冰箱中冷冻即可；如果量大或者需要存放较长时间，最好在储藏虫草的地方加放一些干燥剂。但是，总的来说，虫草的保存时间不宜过久，否则会降低效。最好是购买少量，放入冰箱方便日常食用。 

冬虫夏草之所以价格昂贵，是因为目前人工培植技术还不成熟，绝大部分还是依靠野生采挖，属于珍稀的天然资源。冬虫夏草又常常被当作名贵礼品用于馈赠，但受赠人往往不懂得怎么保存，随手一放，没有使用特别的方法保存，使得冬虫夏草的保质期缩短，还有的人舍不得食用，把之保藏起来，甚至最后变质后只能扔掉，造成令人心疼的浪费。 如果家里的冬虫夏草有一定的量，一时食用不完，就一定要注意储存的方法。

保存冬虫夏草的关键在于防潮、防蛀和防虫，如果保存的时间不长，把冬虫夏草放进密封的玻璃瓶，里面再放一些或丹皮，然后放置在冰箱中；如果需要保存半年以上，在储存冬虫夏草的地方旁边还要摆放硅胶之类的干燥剂，以更好地防潮。一旦发现冬虫夏草受潮，应立即拿到太阳下曝晒。如果发现冬虫夏草已经长虫了，可拿到炭火旁稍加烘焙，然后筛去虫屑。冬虫夏草并不是，越藏越香醇，恰恰相反，越新鲜，其功效就越好。购买了冬虫夏草后，应有计划地服用，最好连续服用3个月以上，不要三天打鱼两天晒网，同时也减少因保存时间太长而导致失效的浪费现象。

冬虫夏草不宜一次购买太多，因为储存时间长了，冬虫夏草易受潮而遭虫蚀，导致其价值降低，就一般的家庭保存条件来说，冬虫夏草的保存时间不宜超过2年。 任何纯天然补品，在存储潮湿或者干燥过度的情况下都会出现发霉的现象，都会有一定的虫蛀的现象，如果没有这些现象反而可能是假的天然补品，所以大家在存储冬虫夏草的时候一点要注意冰箱冷冻。